Après la première mention d'un orgue à Luçon en 1305, il faut attendre le début du XVIe siècle pour retrouver la trace d'un instrument qui sera ruiné en 1568 par une troupe de réformés venant de la Rochelle et de Marans.
Après plus d'un siècle sans orgue, la cathédrale est dotée d'un instrument important, touché pour la première fois le jour de l'Assomption de l'an 1710. Cet orgue sera malheureusement dégradé durant la Révolution et nécessitera une reconstruction.
L'orgue
de Louis Lair
Louis Lair, facteur d'orgue au Mans, obtient le marché de reconstruction de l'orgue. Son projet prévoit un instrument de 4 claviers et 36 jeux. Les travaux sont terminés en 1827, mais la durée de vie de cet orgue sera courte puisqu'il sera détruit par la chute de la flèche en janvier 1847.
Projetée dès 1846, la réalisation d'un premier orgue de choeur est attendue avec impatience par l'Évêque de Luçon pour palier à l'absence de grand orgue, suite à la chute de la flèche. Construit et installé par Nicolas Henry, il s'agit d'un instrument modeste (1 clavier et 8 jeux) qui sera remplacé en 1882 par l'instrument actuel.